| Trad. | Simp. | Pinyin | English |
| 白喉杆菌 | bái hóu gān jūn | Klebs-Loeddler bacillus | |
| 遍在遠洋桿菌 | 遍在远洋杆菌 | Biàn zài yuǎn yáng gǎn jùn | Pelagibacter ubique |
| 病菌 | bìng jūn | harmful bacteria; pathogenic bacteria; germs | |
| 布魯氏菌病 | 布鲁氏菌病 | bù lǔ shì jūn bìng | Brucella |
| 布氏杆菌病 | bù shì gān jūn bìng | brucellosis | |
| 布氏菌苗 | bù shì jūn miáo | Brucella vaccine | |
| 痤瘡丙酸桿菌 | 痤疮丙酸杆菌 | Cuó chuāng bǐng suān gǎn jùn | Propionibacterium acnes |
| 大腸桿菌 | 大肠杆菌 | dà cháng gǎn jūn | Escherichia coli (E. coli) |
| 肺炎克雷伯氏菌 | fèi yán kè léi bó shì jūn | Klebsiella pnenmoniae | |
| 肺炎黴漿菌 | 肺炎黴浆菌 | fèi yán méi jiāng jūn | Mycoplasma pneumoniae |
| 肺炎雙球菌 | 肺炎双球菌 | fèi yán shuāng qiú jūn | Diplococcus pneumoniae |
| 分枝杆菌屬 | 分枝杆菌属 | Fēn zhī gǎn jùn shǔ | Mycobacterium |
| 復層噬菌體科 | 复层噬菌体科 | Fù céng shì jūn tǐ kē | Tectivirus |
| 副溶血弧菌 | Fù róng xuè hú jùn | Vibrio parahaemolyticus | |
| 紅螺菌科 | 红螺菌科 | Hóng luó jùn kē | Rhodospirillaceae |
| 紅螺菌目 | 红螺菌目 | Hóng luó jùn mù | Rhodospirillales |
| 霍亂杆菌 | 霍乱杆菌 | huò luàn gān jūn | Vibrio cholerae |
| 霍亂弧菌 | 霍乱弧菌 | Huò luàn hú jùn | Vibrio cholerae |
| 霍亂菌苗 | 霍乱菌苗 | huò luàn jūn miáo | cholera vaccine |
| 莢膜組織胞漿菌 | 荚膜组织胞浆菌 | jiá mó zǔ zhī bāo jiāng jūn | Histoplasma capsulatum |
| 酵母菌 | jiào mǔ jūn | yeast; mould; mold | |
| 結核桿菌 | 结核杆菌 | jié hé gǎn jūn | tubercle bacillus |
| 菌 | jūn | germ; bacteria | |
| 菌膠團 | 菌胶团 | jūn jiāo tuán | zoogloea |
| 菌類 | 菌类 | jūn lèi | fungus |
| 軍團杆菌 | 军团杆菌 | jūn tuán gān jūn | Legionella |
| 軍團菌病 | 军团菌病 | jūn tuán jūn bìng | legionnaires' disease |
| 菌 | jùn | bacteria; mold; mushroom | |
| 抗菌素 | kàng jūn sù | antibiotic | |
| 克雷伯氏菌屬 | 克雷伯氏菌属 | Kè léi bó shì jūn shǔ | Klebsiella |
| 枯草桿菌 | 枯草杆菌 | kū cǎo gǎn jùn | Bacillus subtilis |
| 李斯特菌 | lǐ sī tè jūn | Listeria monocytogene | |
| 鏈球菌 | 链球菌 | liàn qiú jūn | streptococcus |
| 鏈球菌屬 | 链球菌属 | liàn qiú jūn shǔ | streptococcus |
| 淋球菌 | Lín qiú jūn | Neisseria gonorrhoeae | |
| 黴漿菌肺炎 | 黴浆菌肺炎 | méi jiāng jūn fèi yán | mycoplasma pneumonia |
| 霉菌 | méi jūn | mould; mold | |
| 霉菌毒素 | méi jūn dú sù | mycotoxin | |
| 蜜環菌 | 蜜环菌 | mì huán jùn | honey fungus |
| 葡萄球菌 | pú tao qiú jūn | Staphylococcus | |
| 葡萄球菌腸毒素 | 葡萄球菌肠毒素 | pú tao qiú jūn cháng dú sù | staphylococcal enterotoxin |
| 氰基細菌 | 氰基细菌 | qíng jī xì jūn | cyanobacteria |
| 球孢子菌病 | qiú bāo zǐ jūn bìng | Coccidioidomycosis | |
| 肉毒杆菌毒素 | ròu dú gān jūn dú sù | botulinum toxin | |
| 肉毒桿菌 | 肉毒杆菌 | ròu dú gǎn jūn | Clostridium botulinum |
| 肉毒梭狀芽孢杆菌 | 肉毒梭状芽孢杆菌 | ròu dú suō zhuàng yá bāo gān jūn | Clostridium |
| 乳酸菌 | rǔ suān jūn | lactic acid bacteria | |
| 傘菌 | 伞菌 | sǎn jūn | mushroom |
| 殺菌作用 | 杀菌作用 | shā jūn zuò yòng | sterilization |
| 殺菌 | 杀菌 | shā jùn | (n) disinfection |
| 沙門氏菌 | 沙门氏菌 | shā mén shì jūn | Salmonella |
| 傷寒沙門氏菌 | 伤寒沙门氏菌 | shāng hán shā mén shì jūn | salmonella typhimurium |
| 噬菌體 | 噬菌体 | shì jūn tǐ | bacteriophage; phage |
| 鼠疫杆菌 | shǔ yì gān jūn | Yersinia pestis | |
| 鼠疫菌苗 | shǔ yì jūn miáo | plague vaccine | |
| 絲膜菌科 | 丝膜菌科 | Sī mó jùn kē | Cortinariaceae |
| 絲狀噬菌體科 | 丝状噬菌体科 | Sī zhuàng shì jūn tǐ kē | Inoviridae |
| 梭菌屬 | 梭菌属 | Suō jūn shǔ | Clostridium |
| 炭疽杆菌 | tàn jū gān jūn | Bacillus anthracis | |
| 炭疽菌苗 | tàn jū jūn miáo | anthrax vaccine | |
| 土拉弗氏菌 | tǔ lā fú shì jūn | Francisella tularensis | |
| 脫鐵桿菌門 | 脱铁杆菌门 | Tuō tiě gǎn jùn mén | Deferribacteraceae |
| 細菌 | 细菌 | xì jūn | bacterial; virus; germ |
| 細菌武器 | 细菌武器 | xì jūn wǔ qì | biological weapon (using germs) |
| 細菌性痢疾 | 细菌性痢疾 | xì jūn xìng lì jí | bacillary dysentery |
| 細菌戰 | 细菌战 | xì jùn zhàn | biological warfare; germ warfare |
| 纖維桿菌門 | 纤维杆菌门 | Xiān wéi gǎn jùn mén | Fibrobacteres |
| 硝化螺旋菌門 | 硝化螺旋菌门 | Xiāo huà luó xuán jùn mén | Nitrospirae |
| 芽孢桿菌屬 | 芽孢杆菌属 | yá bāo gǎn jùn shǔ | bacillus |
| 芽單胞菌門 | 芽单胞菌门 | Yá dān bāo jùn mén | Gemmatimonadetes |
| 厭酷球孢子菌 | 厌酷球孢子菌 | yàn kù qiú bāo zǐ jūn | Coccidioides immitis |
| 衣原菌 | yī yuán jūn | Chlamydia | |
| 真菌 | zhēn jūn | fungi; fungus | |
| 致病菌 | zhì bìng jūn | pathogenic bacteria | |
| 志賀氏菌屬 | 志贺氏菌属 | Zhì hè shì jūn shǔ | Shigella |
| 豬鏈球菌病 | 猪链球菌病 | zhū liàn qiú jūn bìng | streptococcus suis (swine-borne disease) |
| 子囊菌 | zǐ náng jūn | ascomycete | |
| 紫色色桿菌 | 紫色色杆菌 | Zǐ sè sè gǎn jùn | Chromobacterium violaceum |
| 組織胞漿菌病 | 组织胞浆菌病 | zǔ zhī bāo jiāng jūn bìng | histoplasmosis |
| 組織漿黴菌病 | 组织浆黴菌病 | zǔ zhī jiāng méi jūn bìng | histoplasmosis |
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